Циклокомплементарный механизм

Комплекс макромолекул, играющих ключевую роль в процессе производства макробелков в клеточных структурах представителей многообразия Крипке.

Биохимия

Два циклофосфоиминных основания имеющих от 3 до 10 (предположительно) боковых ветвей, на которых закрепляются нуклеотиды. Различают L- и D-изомеры циклооснования, отличающиеся стереоизомерией оптических центров. Пять различных нуклеотидов (t8i, L8x, Yyc, cMb и ehp в стандартной системе записи) комплементарны друг к другу в любых парах. L- и D-изомеры циклооснований ориентируются друг к другу в одной плоскости при помощи полиэфирной цепи (цепь Крипке). В зависимости от пары нуклеотидов на лево- и правовращающих циклооснованиях определяется закрепляющийся в данный момент на цепи Крипке микробелок и угол последующего поворота цепи. По окончании процесса полиэфирная цепь гидрализуется и удаляется из структуры синтезированного макробелка.

На рисунке а) изображено циклоиминное основание со всеми пятью разновидностями нуклеотидов (в общем случае они не обязаны присутствовать в одной молекуле). Изображение б) показывает динамику формирования и сворачивания цепи Крипке под воздействием пятиэлементного L-цикла и четырехэлементного D-цикла.

Угол поворота цепи определяется стереометрической реализацией микробелка (базового блока) и описывается следующей таблицей.

	t8i	L8x	Yyc	cMb	ehp
t8i		A+	B	C++	D+
L8x	A+	A-	C++	D+	F--
Yyc	B	C++	E		A+
cMb	C++	D+		A+	A-
ehp	D+	F--	A+	A-	B++

Строки и столбцы здесь помечены допустимыми нуклеотидами, а соответствующий элемент таблицы показывает структуру сегмента цепи, возникающего при совмещении данных нуклеотидов. В соответствии с принятыми обозначениями, символы + и - выражают углы сворачивания цепи в третьих частях развёрнутого угла (положительное направление соответствует повороту против часовой стрелки при движении вдоль цепи в направлении от старых сегментов к более новым - см. рис. в)). Пустые элементы таблицы отвечают пустому (не несущему микробелка) неизогнутому сегменту цепи.

На рисунке г) показана заключительная страдия процесса (до удаления цепи).

Ссылки

См. также: многообразие Крипке, естественный биосинтез белка, Майкл Крипке